90 -е

21-й век начался для армейцев удачно. В 2001 году команда завоевала путевку в Первый дивизион, но, к сожалению, не смогла там надолго задержаться.

В 2006 году ростовский СКА с приходом на пост президента клуба Ивана Саввиди сумел вновь завоевать путевку в Первый дивизион. В первом дивизионе армейцы провели два сезона, а в 2008 году «красно-синие» сумели дойти до 1/8-й финала Кубка России.

К сожалению, в связи со сложным финансовым положением, в 2009 году СКА вынужден был добровольно вернуться во Второй дивизион, где и выступает по сей день.